Kampung Lotong, Mukim Sepulut terletak kira-kira 50 km daripada daerah Nabawan yang boleh dihubungi melalui jalan darat dan kira-kira 122 km ke Bandar Keningau. Asal usul nama Kampung ini dipercayai  oleh masyarakat Murut Kampung Lotong diambil sempena daripada Sebuah Lubuk Sungai. Lubuk Sungai tersebut berpunca daripada sungai yang dinamakan Sungai Talangkai. Menurut penduduk kampung di sini yang sudah menetap sejak dahulu, Lubuk Sungai yang didapati sangat dalam dan kelihatan tenang itu terletak berhampiran dengan kawasan kampung yang telah wujud sejak zaman nenek moyang lagi. Maka, mereka memberi nama kawasan perkampungan ini sebagai Kampung Lotong sesuai dengan kedudukan lubuk tersebut yang berhampiran dengan kawasan perkampungan.

Pada ketika itu, penduduk kampung ini hidup berkelompok dalam satu buah rumah. Rumah tersebut dinamakan Rumah Panjang atau “Pahun Maayoh ” (Bahasa Murut) yang bermaksud sebuah rumah yang sangat besar dan luas yang mempunyai sebuah Lansaran dan terdapat kira-kira 15 buah bilik di dalam rumah tersebut. Rumah Panjang ataupun “Pahun Maayoh” tersebut diketuai oleh seorang ketua rumah yang dilantik iaitu Mendiang Encik Ensim Bin Kumakau yang merupakan  penduduk asal Kampung Lotong. Beliau  ialah Ketua Kampung dan Ketua Anak Negeri yang pertama dilantik untuk bertanggungjawab menjaga keamanan dan keselamatan dan mengurus segala hal ehwal pentadbiran di Kampung Lotong. Beliau juga ialah pemilik tanah bergeran kawasan Kampung Lotong dan merupakan penderma tapak tanah kepada Sk Lotong. Kini, Kampung Lotong diketuai oleh Ketua Kampung yang bernama Encik Boronoh Bin Rantis dan dibawah pentadbiran dan tanggungjawab Pemaju Mukim Sepulut iaitu Encik Philip Bin Ensim.

Pada tahun 1970-an, Sk Lotong merupakan sekolah rendah kebangsaan pertama yang ditubuhkan di kawasan Kampung Lotong. Pada awalnya, sekolah tersebut dibina daripada kulit kayu dan berlantaikan tanah. Pada ketika itu, murid-murid berjalan kaki untuk datang ke sekolah. Ibu bapa disarankan untuk membayar upah kepada guru-guru yang berkhidmat sebanyak RM2.00. Antara guru-guru  yang pernah berkhidmat ialah Mendiang Encik Ambiang Bin Ampang, Encik Binsai Bin Gawar dan PuanTamu Binti Ensing.

Selepas kira-kira setahun, Sekolah ini telah diluluskan oleh pihak kerajaan sebagai sekolah rendah cawangan Mukim Sepulut. Sekolah ini secara rasminya dinamakan sebagai Sekolah Rendah Kebangsaan Lotong, Sepulut. Guru-guru yang berkhidmat ialah Encik Sidin Bin Andin, Encik Tandin Bin Akong dan Puan Bibiana Binti Orow. Kini, Sekolah Kebangsaan Lotong dibawah pentadbiran oleh Puan Quirins Binti Williams selaku Guru Besar Sk Lotong dan dibantu oleh beberapa kakitangan guru-guru yang lain. Kewujudan sekolah ini telah banyak membantu dan memberi banyak manfaat kepada anak-anak penduduk Kampung Lotong untuk menimba ilmu pengetahuan.

Sehinggalah pada hari ini, bilangan penduduk Kampung Lotong semakin lama semakin  bertambah dan mereka didapati hidup berpindah-randah mengikut suami, berpindah ke tempat kerja dan sebagainya.